כאשר שוטפים ירקות ופירות במים, קיימת השפעה של המים בהם שוטפים אותם על איכותם של הפירות והירקות. יחד עם זאת, כמה המים חודרים לתוך הירק והאם הם משפיעים על הרכבו, תלוי בכמה גורמים, כולל סוג הירק, סוג המים, וטכנולוגיות מיוחדות שמשתמשים בהן (כגון מים מובנים או מים ממוגנטים)

באופן כללי, קליפת הירקות והפירות מספקת מחסום מסוים שמונע חדירה משמעותית של מים פנימה. רוב המים שמבצעים בהם שטיפה אינם חודרים אל תוך התאים הפנימיים של הירק, אלא מנקים את השכבה החיצונית בלבד. אולם, ירקות ופירות בעלי קליפה דקה או פגומה עשויים לספוג מים בצורה מסוימת, מה שיכול להשפיע על מרקם הפרי או הירק. מים רגילים לרוב לא ישפיעו משמעותית על הרכב הכימי של הירק.

ישנם מחקרים שמראים כי מים מובנים (hexagonal water) או מים ממוגנטים יכולים להשפיע על איכות הפירות והירקות בצורה חיובית. המים האלו נחשבים למבנה מולקולרי מסודר יותר, מה שעשוי לשפר את היכולת שלהם לשחרר חומרים מזיקים ולהשפיע על מבנה התאים החיצוניים של הירק. לפי מחקרים אלו, המים עשויים לסייע בהפחתת מזהמים חיידקיים ושיפור חיי המדף של המוצר על ידי שימור לחות ומניעת חמצון.

ההסבר המדעי לכך הינו שמים מובנים או ממוגנטים, בגלל מבנה המולקולות שלהם, יוצרים קשרים טובים יותר עם חומרים נוזליים אחרים, ולכן הם יעילים יותר בניקוי והפחתת חיידקים ופטריות המצויים על הירקות והפירות. מבנה המים המיוחד עשוי לשפר את קצב החלפת היונים והתגובה החשמלית על פני השטח של הירק, מה שמאפשר לו לשמור על טריות לזמן ארוך יותר.

לדוגמא עגבניות  ירק שאנחנו אוכלים טרי בסלטים אך גם מרבים לבשל אותו.

קליפת העגבנייה נחשבת למחסום המגן על פנים הפרי, והיא לא חדירה למים באופן משמעותי. קליפת העגבנייה מורכבת משכבות של תאים צפופים שמכילים שעווה טבעית וחומרים נוספים שמונעים חדירת מים ונוזלים לתוך הפרי עצמו. מבנה זה מסייע לשמור על רמת לחות אחידה בתוך העגבנייה ומגן עליה מפני זיהומים חיידקיים או פטריות

  -קליפת העגבנייה חדירה למים

כאשר מדובר בעגבניות בשלות מאוד או פגועות או כאשר היא  נמצאת בחשיפה לחום או לחומציות גבוהה